《君主与大臣：清中期的军机处（1723-1820）》
传统观点认为，军机处设立于清雍正朝，标志着两千年专制主义皇权发展的顶峰。本书认为：军机处有一逐步建立的过程，始于雍正朝，直到乾隆初才有了真正意义上的军机处；军机处日益扩张，君主专制统治让位给了君主与大臣的合作，大臣有可能限制君主的独断。 本书利用台北和北京所藏汉文与满文档案，采用内外朝的分析框架，深入细致地研究了清中期的军机处，是海内外学界军机处研究，也是清代政治史乃至于整个中国古代政治史研究的力作。
《州县官的银两：18世纪中国的合理化财政改革》
本书写的是“西方到来”之前的中国。18世纪的中国不是“不 变”，而是存在着生机勃勃的“变革”，是对于潜在发展成为强大的、近代的中国有重要意义的改革时期。“耗羡归公”是财政制度这一改革主要领域的顶点，它不仅解决了前朝遗存的种种问题，而且是对当时各种财政危机的有效的合理化解决方案。各省实施改革，因地制宜，享有充分的自主权，成效显著，有益于国计吏治民生。然而“耗羡归公”并不能一劳改永逸地解决清朝财政存在的所有问题，改革从一开始就受到抵制，加上集权国家的财政要求，社会经济条件的变化，传统经济结构的根本性制约，后来的“耗羡归公”政策辉煌不再。 这是一部“在中国发现历史”的作品，是利用档案细致探讨中国历史的代表作。
《红雨：一个中国县域七个世纪的暴力史》
本书按照长时段理论，研究的时间段从元末农民大起义一直到场20世纪三十年代的第一次国内革命战争；研究的地域集中在湖北麻城。这种“长时段”和小地域的结合使得这本书能挑战一般著作的历史分期，从宏观上透视中国政治社会变迁，并暗示暴力超越朝代和政权的恒久。作者对麻城地方史的细致研究，还使得本书深化了前人对地方社会的认识，在叙事中凸显各阶层对暴力的感知，在极具张力的氛围中给读者展示出精彩的历史画卷。
《严复与福泽谕吉：中日启蒙思想比较》
在中日启蒙思想这一主题下，本书以历史的纵向变化和时代的横向关联为坐标，以严复与福泽谕吉这两位中日近代具有代表性的启蒙思想家为中心，分列时代篇、文化篇、思想篇和实践篇，从不同的方面和维度，系统地对中日近代启蒙思想进行了透视和比较，呈现了两位启蒙思想家的复杂图像、相通性和独自性，作者在不少问题上都提出了自己的见解和观点，是一部较早开展中日启蒙思想比较的学术专著。
《战争与革命交织的近代中国（1895-1949）》
本书对这一转折性巨变过程做了全景式叙述。以时间为经，主题为纬，以叙述史学为基干，结合政治学、社会学以及文化研究的视野与方法，次第阐述这半个世纪转型的方方面面，为我们展示出近代中国复杂而痛苦的诞生过程。
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